Theo Thanh tra Chính phủ, hợp đồng trọn gói về dịch vụ tư vấn thực hiện dự án, ngay khi được triển khai đã nảy sinh các tồn tại, bất cập, bất hợp lý làm phát sinh những vướng mắc giữa các bên (Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội - MRB, Tư vấn Systra, các cơ quan thẩm quyền phía Việt Nam và các đơn vị liên quan khác).
Cụ thể, trong nội dung của hợp đồng trọn gói có sự bất cập, thiếu sót, nhiều nội dung không rõ ràng, dẫn đến việc hiểu khác nhau giữa các bên, ngoài ra việc hiểu nghĩa nội dung giữa bản tiếng Việt và bản tiếng Anh của các bên cũng có những điểm khác nhau nhất định.
Bên cạnh đó, đây là dự án có quy mô lớn và phức tạp đầu tiên áp dụng công nghệ và tiêu chuẩn mới của nước ngoài vào Việt Nam, nhưng hợp đồng chỉ xác định thời gian 25 tháng, với tổng giá trị 10,6 triệu euro là không khả thi, khó đáp ứng và chưa lường hết được các yêu cầu trong việc thực hiện dự án đặc biệt này.
Cũng theo Thanh tra Chính phủ, một số nội dung điều chỉnh tăng giá trị hợp đồng, nhưng không tăng nhiệm vụ, mà chủ yếu do quá trình thực hiện các nhiệm vụ của Systra bị chậm trễ, kéo dài so với tiến độ của hợp đồng trọn gói ban đầu, nên Systra phải huy động nhân sự và chi phí cho thời gian kéo dài, dẫn đến phát sinh tăng chi phí.
Qua rà soát các nguyên nhân cho thấy việc điều chỉnh tăng giá hợp đồng tư vấn (hợp đồng trọn gói) bao gồm phần chi phí ngoài phạm vi nhiệm vụ, phần chi phí thuộc các trường hợp bất khả kháng theo quy định và phần chi phí trong phạm vi nhiệm vụ.
Tuy nhiên, khi lập, thẩm định và phê duyệt dự toán điều chỉnh bổ sung chủ đầu tư và các cơ quan chức năng đã không xác định cụ thể các khoản chi phí này. Mặt khác, quá trình thương thảo điều chỉnh hợp đồng tư vấn, chủ đầu tư không làm rõ trách nhiệm của Tư vấn Systra trong việc chậm trễ để xác định chi phí và giảm trừ khi lập dự toán bổ sung.
Trách nhiệm thuộc lãnh đạo của Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội qua các thời kỳ, các đơn vị thuộc MRB và tập thế, cá nhân có liên quan; các Sở Quy hoạch Kiến trúc, Kế hoạch và Đầu tư.
Thanh tra Chính phủ kết luận nhiều sai phạm tại dự án đường sắt Nhổn - ga Hà Nội.
Liên quan tới nội dung tố cáo gói thầu về rà phá bom mìn, vật liệu nổ đoạn cầu cạn và nhà ga của nhà thầu Tổng công ty Xây dựng Lũng Lô có dấu hiệu vi phạm pháp luật, Thanh tra Chính phủ cho rằng, tố cáo này là có cơ sở.
Theo kết luận, đến thời điểm thanh tra công tác nghiệm thu và thanh quyết toán gói thầu trên vẫn chưa hoàn thành, nguyên nhân chính là do hồ sơ nghiệm thu khối lượng không đảm bảo, có dấu hiệu sai khối lượng thi công.
Mặt khác hồ sơ hoàn công của gói thầu cũng chưa đúng quy định, có hiện tượng không đúng với thực tế và không đúng với phương án kỹ thuật được phê duyệt..
Trách nhiệm để xảy ra sai phạm này thuộc chủ đầu tư dự án và các đơn vị liên quan: Bộ Tư lệnh công binh - cơ quan chủ quản nhà thầu, Tổng công ty Xây dựng Lũng Lô và đơn vị thi công gói thầu này.
Đối với nội dung tố cáo việc lựa chọn nhà thầu thực hiện gói thầu số 3, hầm và các ga ngầm có dấu hiệu vi phạm pháp luật, theo Thanh tra Chính phủ, tố cáo này là có cơ sở.
Cụ thể, nhà thầu JV và Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội đã ký hợp đồng thi công gói thầu số 3 khi chưa có mặt bằng sạch bàn giao để thi công.
Hiện tại mặt bằng các ga 9, 10, 11 đang điều chỉnh quy hoạch, chưa thể giải phóng mặt bằng được, dẫn tới chưa có mặt bằng để bàn giao cho nhà thầu trong thời gian này.
Đáng chú ý, Thanh tra Chính phủ cho rằng việc chậm bàn giao mặt bằng dẫn đến nhà thầu phải điều chỉnh kế hoạch triển khai và yêu cầu bổ sung khoản kinh phí khoảng 40 triệu USD, nguy cơ gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND TP.Hà Nội tổ chức kiểm điểm và chỉ đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội cùng các sở ban ngành liên quan thực hiện kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân qua các thời kỳ có liên quan đến các vi phạm. Căn cứ kết quả kiểm điểm có biện pháp xử lý đối với những tập thể, cá nhân trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao.
Bộ Quốc phòng chỉ đạo Bộ Tư lệnh công binh, Tổng công ty Xây dựng Lũng Lô kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến các vi phạm trong việc thực hiện hợp đồng về rà phá bom mìn, vật nổ đoạn cầu cạn.
